一、組織架構

本所組織架構由上到下分別是所長、副所長1人、主任秘書、野生動物組、野生植物組、生態系經營組、資源管理組、保育推廣等5組，烏石坑、藤枝、合歡山、七股等4個研究中心以及秘書、人事、主計等3個室

二、組織職掌

業務職掌如次：

1. 野生物遺傳多樣性之研究。
2. 野生物物種多樣性之研究。
3. 生態系多樣性之研究。
4. 農業生物多樣性之研究。
5. 生物資源管理及生物多樣性永續利用之研究。
6. 生物多樣性有關之科普推廣及國際合作之研究。
7. 其他有關生物多樣性之研究事項。