研究目標
● 建立臺灣苔蘚植物誌，提供更多的基礎資料來進行生物多樣性及保育的研究，並將中心的苔蘚標本資料整理建檔以了解各物種在臺灣的分布並方便國內外學者借閱標本。
● 建立台灣沿海矽藻生態及生理相關資料，瞭解台灣沿海溼地底棲生產力。
● 建立台灣地衣分類及生態相關資料。
● 建立台灣特殊生態系菌根菌名錄，同時篩選保存有應用潛力的菌種。並從生理及分子層 面探討菌根菌於生態系之功能性。

未來工作重點
● 完成臺灣苔蘚植物誌。
● 系統性採集調查臺灣各地苔蘚並將中心標本館內典藏之標本鑑定及資料建檔，同時進行臺灣苔蘚名錄訂正。  
● 台灣沿海矽藻基礎研究及沿海底棲藻生產力研究。系統性調查台灣地衣種類組成及生態分佈等基礎研究。
● 台灣特殊生態系菌根菌調查，並進行菌種純化培育及植物與菌根共生生理、分生相關研究。