臺灣省特有生物研究保育中心成立於民國81年7月1日，並於民國88年7月1日起配合臺灣省政府功能業務與組織調整作業改隸行政院農業委員會。

特有生物研究保育中心之成立係為呼應全球對生態保育的日益重視，提升我國對本土生態的瞭解，自成立至今始終為臺灣唯一專職於本土特稀有動植物、生態系調查、研究、保育及推廣之政府單位。

民國112年8月1日起配合行政院功能業務與組織調整作業改制為農業部生物多樣性研究所。將深耕我國在生物多樣性之研究、保育、監測、資訊交流及教育宣導。