本籌備處位於臺灣西南沿海曾文溪出海口北岸，行政區隸屬臺南市七股區十份里，座標約為東經 120.062651 ，北緯 23.081326 ，原屬於臺南縣政府所有之公有地，並於 91 年依野生動物保育法劃設「曾文溪口黑面琵鷺野生動物重要棲息環境」之範圍內。